实际上，微生物就像一台台小小的加工机，对食物的每个细胞挨个进行处理，增加一些有营养的物质、去除一些没营养的物质，顺便改变味道和质地。
发酵是人类巧妙地利用微生物，使食品中原有的营养成分发生改变并产生新的独特风味的过程。
发酵时微生物分泌的酶能裂解细胞壁，提高营养素的利用程度。如肉和奶等动物性食品，在发酵过程中就可将原有的蛋白质进行分解，易于消化吸收，微生物还能合成一些B族维生素，特别是维生素B12，动物和植物自身都无法合成这一维生素，只有微生物能“生产”。所以发酵食品是人体所需维生素B12的主要来源。
发酵食品一般脂肪含量较低，因为发酵过程中要消耗碳水化合物的能量，是减肥人士的首选健康食品。
在发酵过程中，微生物保留了原来食物中的一些活性成分，如多糖、膳食纤维、生物类黄酮等对机体有益的物质，还能分解某些对人体不利的因子。微生物新陈代谢时产生的不少代谢产物，多数有调节机体生物功能的作用，能抑制体内有害物的产生。
如发酵后的馒头、面包就比大饼、面条等没有发酵的食物营养更丰富，原因就在于所使用的酵母。实验证明，酵母不仅改变了面团结构，让它们变得更松软好吃，同时，酵母富含多种维生素、矿物质和酶类。每1千克干酵母所含的蛋白质，相当于5千克大米、2千克大豆或2.5千克猪肉的蛋白质含量。因此，馒头、面包中所含的营养成分比大饼、面条要高出3～4倍，蛋白质增加近2倍。发酵后的酵母还是一种很强的抗氧化物，可以保护肝脏，有一定的解毒作用。酵母里的硒、铬等矿物质能抗衰老、抗肿瘤、预防动脉硬化，并提高人体免疫力。而且，发酵后的面包与馒头，使面粉里原有的一种影响钙、镁、铁等元素吸收的植酸被分解，从而提高人体对这些营养物质的吸收和利用。
发酵食品中甜面酱及米醋等食品，它们当中富含苏氨酸等成分，可以防止记忆力减退。醋是中国人发明的一种发酵食品，其主要成分是多种氨基酸及矿物质，它们也能达到降低血压、血糖及胆固醇之效果。
至于发酵类的豆制品，包括豆瓣酱、酱油、豆豉、腐乳等。含有丰富的抗血栓成分，它可以有效地溶解血液中的血栓等物，起到预防动脉硬化、降低血压之功效。豆类发酵之后，能参与维生素K合成，这样可使骨骼强壮，防止骨质疏松症的发生。
酸牛奶、奶酪含有乳酸菌等成分，能抑制肠道腐败菌的生长，还含有可抑制体内合成胆固醇还原酶的活性物质，又能刺激机体免疫系统，调动机体的积极因素，有效地预防癌症。所以，经常食用酸牛奶，可以增加营养，防治动脉硬化、冠心病及癌症，降低胆固醇。利用乳酸菌来发酵的食品，其任何一种东西均可调整肠腔内菌群的平衡，增加肠蠕动，使大便保持通畅，预防大肠癌等的发生。
